端末を無くしてしまって、ワンタイムパスワードが分かりません。機種変更でワンタイムパスワードが分かりません。

一度、多要素認証の連携を解除する必要があります。
会社でエンタープライズ版をご契約された担当者様か、蔵衛門DX相談窓口に連絡して一度連携を解除し、再度認証アプリで連携してください。