国交省の電子納品チェックシステムで「【エラー】[適用要領基準]は、「【基準名】」を記入しなければなりません。」と表示されます。

電子納品チェックシステムが電子成果物の要領に対応していないと思われます。
蔵衛門御用達の該当工事が選択している要領と使用している電子納品チェックシステムが対応している要領を確認してください。